Khấu trừ VAT trả chậm: 3 mốc xử lý theo Nghị định 144/2026

Khấu trừ VAT trả chậm cần được theo dõi theo ba mốc: chưa đến hạn thanh toán, đến hạn nhưng chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, và sau đó đã có chứng từ phù hợp. Nghị định 144/2026/NĐ-CP làm rõ việc được kê khai, khấu trừ lại vào kỳ có chứng từ sau khi đã điều chỉnh giảm.

Điểm quan trọng với doanh nghiệp là nối được hợp đồng, hóa đơn, hạn thanh toán và chứng từ thực tế. Chỉ có hóa đơn đầu vào mà không theo dõi công nợ đến hạn có thể dẫn đến kê khai sai kỳ.

Quy định mới có hiệu lực từ khi nào?

Nghị định 144/2026/NĐ-CP ban hành ngày 5/5/2026, có hiệu lực từ ngày 20/6/2026. Điều 4 sửa đổi điểm g khoản 2 Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP về hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên. Thông tin hiệu lực trên Cổng văn bản Chính phủ.

Nội dung dưới đây tập trung vào điều kiện và thời điểm liên quan đến thanh toán của nhóm giao dịch này. Doanh nghiệp vẫn cần đáp ứng các điều kiện khấu trừ khác; không phải mọi hóa đơn phát sinh đều được khấu trừ chỉ vì hợp đồng có điều khoản trả chậm.

Ba mốc cần theo dõi với một khoản mua trả chậm

Trạng thái khoản mua	Cách xử lý trong phạm vi điều kiện thanh toán
Chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục	Vẫn được khấu trừ khi chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến hạn
Đã đến hạn nhưng chưa có chứng từ phù hợp	Kê khai, điều chỉnh giảm phần thuế đầu vào tương ứng vào kỳ phát sinh nghĩa vụ thanh toán
Sau khi điều chỉnh đã có chứng từ phù hợp	Kê khai, khấu trừ phần thuế tương ứng vào kỳ có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

Căn cứ là Điều 4 Nghị định 144/2026 trong bản Công báo. Nếu hợp đồng có nhiều đợt thanh toán, cần đối chiếu từng phần giá trị và chứng từ tương ứng, thay vì mặc định toàn bộ hóa đơn có cùng trạng thái.

Mốc 1: Chưa đến hạn thanh toán

Doanh nghiệp cần lưu hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn GTGT và tài liệu thể hiện thời điểm thanh toán. Việc chưa có chứng từ thanh toán do chưa đến hạn không tự làm mất quyền khấu trừ theo quy định đang xét.

Hạn thanh toán nên được ghi nhận trong danh sách theo dõi công nợ ngay khi tiếp nhận hồ sơ. Nếu chỉ lưu hóa đơn còn hợp đồng nằm tại bộ phận mua hàng, người lập tờ khai có thể không biết khoản nào sắp đến hạn.

Mốc 2: Đến hạn nhưng chưa có chứng từ phù hợp

Khi đã đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục mà chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, cần kiểm tra phần giá trị chưa đáp ứng để điều chỉnh giảm vào đúng kỳ phát sinh nghĩa vụ thanh toán.

Không nên chờ đến khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình mới kiểm tra lại công nợ. Tình trạng “đã nhận hóa đơn hợp lệ” và tình trạng “đã đáp ứng điều kiện thanh toán tại thời điểm đến hạn” là hai việc cần được theo dõi riêng.

Mốc 3: Sau đó đã có chứng từ thanh toán

Nghị định 144/2026 bổ sung cách xử lý khi cơ sở kinh doanh có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt sau khi đã điều chỉnh: được kê khai, khấu trừ số thuế đầu vào tương ứng vào kỳ có chứng từ.

Vì vậy, hồ sơ nên thể hiện rõ số đã khấu trừ ban đầu, số đã điều chỉnh giảm và số được ghi nhận lại. Cần kiểm tra để tránh kê khai hai lần cùng một phần thuế hoặc tự chọn một kỳ không khớp thời điểm có chứng từ.

Ví dụ theo dòng thời gian

Giả định doanh nghiệp kê khai GTGT theo tháng, có một giao dịch đáp ứng các điều kiện khấu trừ khác. Hóa đơn ghi giá chưa thuế 100 triệu đồng, thuế GTGT 10 triệu đồng. Số thuế này là giả định riêng để minh họa, không xác định thuế suất cho một mặt hàng cụ thể.

Hợp đồng quy định hạn thanh toán ngày 31/8/2026. Doanh nghiệp chưa có chứng từ thanh toán phù hợp tại ngày này và thanh toán bằng phương thức đáp ứng quy định vào ngày 15/10/2026.

Mốc hồ sơ	Số thuế của giao dịch trong ví dụ	Nội dung cần đối chiếu
Tháng 7, đã có hóa đơn và chưa đến hạn thanh toán	10 triệu đồng	Điều kiện khấu trừ, hợp đồng và hạn trả tiền
Tháng 8, đến hạn nhưng chưa có chứng từ phù hợp	Điều chỉnh giảm 10 triệu đồng	Kỳ phát sinh nghĩa vụ thanh toán và chứng từ điều chỉnh
Tháng 10, có chứng từ thanh toán phù hợp	Kê khai, khấu trừ lại 10 triệu đồng	Chứng từ tháng 10 và phần thuế đã điều chỉnh trước đó

Ví dụ chỉ xét một lần thanh toán toàn bộ. Nếu thanh toán một phần, có tranh chấp về nghĩa vụ hoặc sửa đổi hợp đồng, cần phân tích hồ sơ riêng. Không nên áp nguyên bảng cho giao dịch nhiều đợt mà bỏ qua phần giá trị tương ứng.

Bảng theo dõi giúp nối hợp đồng với tờ khai

Doanh nghiệp có thể lập một bảng làm việc nội bộ với các cột sau:

Trường thông tin	Mục đích
Nhà cung cấp, số hợp đồng, số hóa đơn	Xác định đúng giao dịch
Hạn thanh toán từng đợt	Nhận diện kỳ cần kiểm tra điều kiện
Giá trị đến hạn, thuế đầu vào tương ứng	Phân biệt phần đủ và chưa đủ điều kiện
Ngày, mã chứng từ thanh toán	Đối chiếu căn cứ thanh toán
Kỳ khấu trừ ban đầu, kỳ điều chỉnh, kỳ khấu trừ lại	Tránh bỏ sót hoặc ghi nhận trùng

Bảng này không thay thế tờ khai hoặc chứng từ theo quy định. Giá trị của nó nằm ở khả năng chuyển giao hồ sơ giữa bộ phận mua hàng, kế toán công nợ và người lập tờ khai.

Những sai sót cần tránh

Nhầm thanh toán tiền mặt với chứng từ đáp ứng điều kiện. Không phải cứ có giấy xác nhận đã trả tiền là được xem như đáp ứng quy định về thanh toán không dùng tiền mặt. Cần kiểm tra đúng loại chứng từ và phương thức áp dụng.

Theo dõi hạn thanh toán bằng trí nhớ. Một doanh nghiệp có nhiều nhà cung cấp có thể có hàng chục hạn công nợ khác nhau trong một kỳ. Danh sách đến hạn cần được đối chiếu trước khi lập tờ khai.

Bỏ mất liên kết với lần điều chỉnh trước. Khi có chứng từ thanh toán, cần tìm lại phần thuế đã giảm, không cộng thêm một khoản khấu trừ mà không kiểm tra lịch sử kê khai.

Gộp quyền khấu trừ VAT với mọi vấn đề về chi phí. Điều kiện ghi nhận chi phí khi tính TNDN là nội dung cần xét theo quy định tương ứng; bài này không thay thế bước kiểm tra đó.

Câu hỏi thường gặp

Chưa thanh toán vì chưa đến hạn có được khấu trừ không?

Trong phạm vi giao dịch và điều kiện được Điều 4 quy định, vẫn được khấu trừ khi thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến hạn. Các điều kiện khấu trừ khác vẫn phải được đáp ứng.

Đã quá hạn thì quyền khấu trừ bị mất vĩnh viễn không?

Không nên kết luận như vậy. Quy định đã nêu cách kê khai, khấu trừ lại vào kỳ có chứng từ phù hợp sau khi điều chỉnh giảm phần thuế tương ứng.

Thanh toán một phần thì được xử lý toàn bộ hóa đơn không?

Cần đối chiếu phần giá trị và thuế tương ứng với từng chứng từ, từng đợt đến hạn. Không mặc định một chứng từ cho một phần công nợ chứng minh điều kiện của toàn bộ hóa đơn.

Có phụ lục sửa hạn thanh toán thì làm gì?

Lưu phụ lục cùng hợp đồng gốc, kiểm tra thời điểm, hiệu lực và nghĩa vụ thanh toán thực tế. Không lập hồ sơ hồi tố để thay thế việc xử lý một kỳ đã phát sinh nghĩa vụ.

Ngưỡng 5 triệu đồng có phải mới được đưa ra tại Nghị định 144 không?

Không nên diễn giải như vậy. Điểm g khoản 2 Điều 26 Nghị định 181/2025 đã quy định ngưỡng này. Điểm bổ sung được nhấn mạnh ở Nghị định 144 là cách kê khai, khấu trừ khi có chứng từ phù hợp sau khi đã điều chỉnh giảm.

Rà soát từ hợp đồng trước khi chốt tờ khai

Nếu vướng điều khoản thanh toán, trách nhiệm cung cấp chứng từ hoặc tranh chấp công nợ, bạn có thể tìm hiểu dịch vụ hợp đồng thương mại và giải quyết tranh chấp của Talochi Legal.

Với yêu cầu rà soát hồ sơ doanh nghiệp, xem thêm tư vấn doanh nghiệp hoặc gửi tình huống cần hỗ trợ, nêu rõ giá trị giao dịch, hạn thanh toán, chứng từ đã có và kỳ đã kê khai.

Đối chiếu nguồn ngày 30/10/2026. Dòng thời gian và số liệu là tình huống giả định để giải thích cách theo dõi hồ sơ.